El Sectorial Municipal de la Salud de Santa Cruz del Sur es el encargado de implementar, dirigir y controlar las estrategias del Ministerio de Salud Pública (MINSAP), permitiendo el mejoramiento continuo de la salud y la satisfacción de la población y los trabajadores, con énfasis en las acciones de promoción, prevención, diagnóstico, tratamiento y rehabilitación, así como la formación, gestión y desempeño de los recursos humanos, el progreso de las Ciencias Médicas, la eficiencia en la utilización de los recursos, con una activa participación comunitaria e intersectorial de alto nivel científico técnico y fomentando en los mismos una alta preparación política-ideológica.
El municipio Santa Cruz del Sur cuenta con las siguientes instituciones de salud:
- Policlínico Ernesto Che Guevara
- Policlínico Oscar Primelles
- Policlínico Cándido González
- Policlínico Haití.
- Hospital Municipal José Espiridòn Santiesteban Báez
- Centro Municipal de Higiene y Epidemiología.